La ballena jorobada (Megaptera novaeangliae) migra en todos los océanos del mundo desde sus zonas de alimentación en aguas polares a zonas de reproducción en aguas tropicales. Aunque esta especie es predecible en sus áreas de ocurrencia, son aún poco conocidos varios aspectos de la migración de la ballena jorobada. El presente trabajo tuvo como objetivo evaluar las diferencias de fidelidad de sitio entre machos y hembras de ballenas jorobadas que visitaron las costas de Esmeraldas (Ecuador) durante las temporadas 2010, 2011 y 2012. Un total de 57 muestras de piel de ballena se obtuvieron mediante un sistema de toma de biopsias. Para la determinación del sexo se utilizó los primers SFY1204 y SFY0097. Una sección variable de la región control del ADN mitocondrial (D-loop) se amplificó mediante PCR y secuenció para analizar los haplotipos presentes. De las muestras de ballenas jorobadas analizadas se determinó que 12 correspondieron a hembras y 44 a machos, y se identificó un total de 23 haplotipos diferentes. Al realizar un análisis de varianza molecular (AMOVA), se encontró que los machos presentaban una mayor fidelidad de sitio, a pesar de una diferencia notable en la frecuencia de haplotipos y composición de nucleótidos entre machos de las temporadas 2010 y 2011. Esta diferencia no se encontró entre las temporadas 2010-2012 ni 2011-2012, posiblemente porque las muestras del 2010 fueron recolectadas en Agosto, cuando los machos se quedan en grupos residentes, mientras que las muestras del 2011 fueron recolectados en Julio cuando la mayoría de machos están en tránsito hacia áreas de reproducción en el norte como Panamá y Costa Rica. Las hembras no mostraron diferencias significativas en la frecuencia de haplotipos y composición de nucleótidos, a pesar de que en las hembras de las temporadas 2010 y 2012 se compartió un solo haplotipo. Estos resultados, pueden deberse al limitado número de muestras de ballenas jorobadas hembras. Estos hallazgos pueden sugerir que a pesar de que las ballenas jorobadas machos se dispersan desde las zonas de reproducción al sur del Ecuador hasta el norte de Costa Rica, regresan cada año a su zona de reproducción originaria. Por otro lado, las hembras posiblemente permanecen en años alternos en los sitios de alimentación para recuperarse de los gastos energéticos de la gestación y lactancia.
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