El maíz negro es una variedad nativa de este cultivo, presente en las zonas elevadas de los Andes ecuatorianos. A pesar de su importancia como un alimento funcional, por su alto contenido de antocianinas con propiedades antioxidantes y anti carcinogénicas, su uso se ha visto reducido a causa de una preferencia generalizada por variedades de maíz amarillo mejorado por parte de agricultores y consumidores. En este estudio, 24 líneas S2 de maíz negro fueron evaluadas morfológica y molecularmente para determinar su nivel de diversidad y por lo tanto su potencial como parentales para programas de mejoramiento futuros, especialmente aquellos enfocados en el desarrollo de variedades con alto contenido de antocianinas. Para la evaluación molecular, un set de diez primers de SSR, uno por cromosoma, fueron usados para amplificar una región de microsatélites del genoma del maíz. Para el análisis morfológico, siete características fueron medidas en dos ciclos vegetativos de autopolinización. Un total de 43 alelos fueron encontrados para los 10 loci de SSR. El número de alelos por locus varió entre 2 y 8, con un promedio de 4.3 ± 2.06. La distancia genética varió entre 0.29 y 0.95. El análisis UPGMA agrupó a las líneas S2 en seis grupos con uno predominante. Los datos morfológicos mostraron variación, especialmente en cuanto a la altura de la planta, altura de inserción de espiga y longitud de hoja. Se evidenció depresión endogámica principalmente para altura de planta y altura de inserción de espiga. El dendrograma de este análisis, también agrupó a las 24 líneas S2 de maíz negro en seis grupos, aunque no fueron los mismos grupos que los presentados en el análisis molecular. Se concluye que existe un nivel moderado de variabilidad en esta colección y, por lo tanto, posee potencial para el desarrollo de nuevas variedades.
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