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SECCIÓN A: CIENCIAS EXACTAS Y FÍSICAS

Vol. 3 Núm. 2 (2011): Número especial por el Año Internacional de la Química

ADN G-cuádruple: caracterización inicial de los mecanismos de formación de oligómeros por mecánica molecular

DOI
https://doi.org/10.18272/aci.v3i2.67
Enviado
julio 29, 2015

Resumen

La fabricación de nanoestructuras usando ADN como material para construir sistemas capaces de realizar funciones complejas es una frontera en continua exploración. En este artículo se reporta la caracterización detallada a nivel atómico de unidades de G-cuádruple para obtener una mejor comprensión de cómo estas unidades se pueden auto ensamblar en oligómeros tipo G-cuádruple entrelazado (interlocked G-quadruplexes). Para esto se utilizaron métodos de modelación con mecánica molecular. Previamente reportamos la construcción de G-cuádruple entrelazados por un procedimiento térmico cíclico (similar en implementación al usado para el ciclado de un protocolo de PCR) partiendo de la secuencia 5"™-TGGG-3"™. Basados en nuestros datos experimentales reportados anteriormente se construyeron modelos para las estructuras y se minimizaron y analizaron vía mecánica molecular para entender los factores que determinan la estructura más estable. Se encontró que la identidad de los extremos 5"™y 3"™de los oligonucleótidos es de importancia fundamental en la estabilidad de los ensambles de ADN en el estudio. Además, los cationes en las regiones donde el grado de impedimento estérico permite más espacio para los mismos, pueden jugar un rol significativo en la dinámica de la conformación de la supramolecula en esos sitios, posiblemente limitando el auto ensamblaje de la estructura. En resumen, los resultados permiten mejorar la comprensión de este sistema a escala molecular permitiendo desarrollar procedimientos más eficientes para el control de la fabricación de nanoestructuras basadas en DNA G-cuádruple.

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